Những năm vừa qua, nhà trường đã xây dựng kế hoạch chi tiết theo tháng triển khai công tác y tế trường học, thực hiện nghiêm túc các văn bản quy phạm pháp luật về công tác y tế trường học. Tăng cường các biện pháp tuyên truyền phòng chống dịch bệnh, phòng chống tai nạn thương tích cho học sinh. Phối hợp với cơ quan y tế kịp thời xử lý khi phát hiện có trường hợp mắc bệnh. Phòng y tế tiếp tục được đầu tư cơ sở vật chất theo quy định: Đảm bảo tủ thuốc y tế luôn đầy đủ danh mục thuốc theo yêu cầu, tăng cường kiểm tra thời hạn sử dụng thuốc và bổ sung theo quy định. Lớp học đảm bảo các điều kiện vệ sinh và ánh sáng. Đảm bảo tốt hệ thống vòi nước sạch, máng nước cho học sinh rửa tay hàng ngày đạt trên chuẩn quy định.
Trường Tiểu học Khương Mai cũng luôn coi trọng việc phòng chống dịch và phòng bệnh học đường, nhà trường đã: Triển khai tốt và ứng phó kịp thời với các bệnh theo mùa, các bệnh, tật trong trường học (cúm A H1N1, cúm A H5N1, tay-chân-miệng, nha học đường, cong vẹo cột sống, cận thị, lao, sốt rét, sốt xuất huyết, giun sán, ...) và các dịch bệnh mới xuất hiện, bệnh tự kỷ và tăng động giảm tập trung... Có kế hoạch triển khai các quy định về vệ sinh phòng chống bệnh truyền nhiễm, các dịch bệnh đột xuất và phối hợp với cơ quan y tế Quận Thanh Xuân và Phường Khương Mai để thực hiện các biện pháp phòng chống dịch kịp thời khi có dịch xảy ra.
Trong công tác Y tế, Chữ thập đỏ nhà trường đã thực hiện tốt tuyên truyền vận động học sinh nỗ lực học tập, gương mẫu tham gia các hoạt động nhân đạo, các phong trào tương thân tương ái, xây dựng các công trình nhân đạo...Đoàn kiểm tra đánh giá cao các công tác trên của trường.
Đặc biệt với công tác bán trú, phối hợp với công ty Hương Việt Sinh, nhà trường xây dựng kế hoạch, đề án tổ chức hoạt động bán trú, có kế hoạch phân công nhân sự tham gia công tác bán trú rõ ràng và thực hiện đầy đủ các thủ tục ký kết hợp đồng với doanh nghiệp có tư cách pháp nhân cung cấp các các loại thực phẩm sạch và đồ dùng vệ sinh hàng ngày cho học sinh. Bên cạnh đó, để tăng cường giám sát Vệ sinh ATTP, nhà trường đã thành lập ban kiểm tra thực phẩm nhập vào luc 5h sáng hàng ngày, kết hợp Ban phụ huynh nhà trường kiểm tra đột xuất các đơn vị cung cấp thực phẩm cũng như tại cơ sở chế biến của công ty Hương việt Sinh....
Đoàn phân công các thành viên kiểm tra theo từng mảng hoạt động: Công tác bán trú, kiến thức kĩ năng phòng chống bệnh tật học đường của học sinh, khung cảnh sư phạm trường lớp, công tác cứu trợ nhân đạo từ thiện...